Для предупреждения поражения бонсай насекомыми-вредителями и болезнями очень важно регулярно осматривать растения со всех сторон, вынимать их из контейнера и контролировать состояние корневой системы. Следующим защитным мероприятием является размещение растений в таком месте, чтобы до них не могли добраться слизни, муравьи и другие вредители. Хорошо проветриваемое местоположение — дополнительная защита растений от вредителей. Поэтому каждое растение должно иметь вокруг себя достаточно свободного места.
Из-за чрезмерной скученности растений образуются места, в которых могут скрываться улитки и гусеницы.
Улиток можно собирать руками или в крайнем случае использовать специальные химические препараты, предназначенные для борьбы с улитками.
Гусениц также собирают вручную или обрабатывают пораженные ими растения инсектицидными средствами.
Щитовки — плоские, крепко прикрепляющиеся к различным надземным частям растения вредители, с которыми трудно бороться химическими средствами защиты растений, так как сверху насекомое прикрыто своеобразным восковым щитком. Щитовок соскабливают пинцетом и смачивают место прикрепления вредителя к растению оливковым маслом.
Корневой червец — насекомое белого или бледно-голубого цвета, поражающее корневую систему растений. Вредитель повреждает различные части корней, в результате чего растение слабеет. Очень часто внешним признаком поражения растения корневым червецом является пожелтение листьев. Борются с корневым червецом при помощи полива растений раствором инсектицидного препарата.
Тля и мучнистый червец располагаются чаще всего на нижней стороне листьев. Если эти насекомые-вредители образуют крупные колонии, необходимо провести опрыскивание пораженных растений раствором инсектицида. Для борьбы с мучнистым червецом на лиственницах и буках в раствор добавляют любое продающееся в магазинах моющее средство, чтобы он сразу не стекал с листьев и веток.

Бонсай повреждаются не только насекомыми-вредителями, существует целый ряд грибковых заболеваний, которые могут поражать растения.
Грибы распространяются спорами и активно размножаются на пораженных частях растений в теплую влажную погоду. Для борьбы с грибковыми заболеваниями растения опрыскивают фунгицидными препаратами и переносят их в более солнечное и сухое место.
Мучнистая роса чаще всего поражает дубы.
Звездчатый сажистый гриб представляет собой налет черного цвета на верхней стороне листьев и чаще всего встречается на бирючине и различных видах клена. Причиной появления сажистых грибов является первичное поражение растений тлей, на клейких сахаристых выделениях которой и поселяется возбудитель этого заболевания. Поэтому профилактическим мероприятием в борьбе с сажистыми грибами является борьба с тлей.
При покупке химических средств защиты растений в специализированном магазине необходимо проконсультироваться с продавцом. Из-за различий в законах относительно применения химических средств защиты растений в отдельных странах в рамках этой книги невозможно дать каких-либо конкретных рекомендаций по их использованию. Бонсай обрабатываются такими же препаратами и в такой же концентрации, как и обычные деревья. Химические средства защиты растений в отдельных случаях высокотоксичны, поэтому их следует применять в разумных пределах. Хранить их необходимо в недоступном для детей и домашних животных месте. Оставшиеся после обработки растений растворы нельзя выливать на землю или в канализацию, так как они требуют специальной утилизации.
Однако чаще всего бонсай страдают не от поражения вредителями или болезнями, а из-за ошибок в уходе, таких как переувлажнение земляного кома, чрезмерное внесение удобрений или неправильное местоположение.
Большие и невосполнимые повреждения бонсай могут нанести также кошки и собаки, когда, пробегая мимо растений, ломают у них ветви или вызывают своей мочой ожоги, как и при перекормке растений удобрениями.